主要研究成果为:主要进行禽流感监测、小反刍兽疫疫情监测、华南虎脑心肌炎病毒感染疫情、羚牛布鲁氏菌感染疫情、野生鸟类禽霍乱疫情、野生麋鹿产气荚膜梭菌感染疫情以及大天鹅高致病性禽流感疫情监测;对禽流感溯源研究中证实H5N1型病毒对迁徙鸟类的感染,其中班头雁和棕头鸥可能是青海湖禽流感疫情的主要宿主;建立并研发野生动物疫病检测技术,如适用于野外的H5N1快速诊断试纸条、环境样品中病原监测方法。该中心自成立以来,承担国家科技部、国家自然科学基金委、国家林业局、中国科学院以及国际组织重大专项和科技攻关项目,如重大动物疫病快速检测试剂的研发(国家高技术研究发展计划(863)(2007AA100606)),农业鼠害暴发成灾规律、预测及可持续控制的基础研究(国家重点基础研究发展计划(973计划)(9732007BC109103)),高致病性禽流感等新发动物疫病的流行病学研究(十一五国家科技支撑计划(2006BAD06A01)),禽流感野生动物宿主及疫源地生态研究(中国科学院知识创新工程领域前沿项目(KSCX3-IOZ-0609))和USDA-IOZ 青藏高原野生鸟类禽流感病源调查(中美合作(0760621234))等,形成了主要以禽流感等重大野生动物疫源疫病监测和预警分析为主体的研究团队,并协助国家林业局建立了全国野生动物疫源疫病监测体系。部分研究成果相继在Science,Nature, Journal of Virology等杂志上发表。在国内首次开辟野生动物疫源疫病研究,处于国内领先地位。